多位玩家反馈称更新后出现存档丢失的问题，如今本作的版本号为1.2.0，相比首发版虽然修复了很多东西，1.2.0版更新最严重的问题是存档损坏，届时将主要修复一个与宝可梦蛋有关的bug， 而至于存档损坏问题。
其中包含数百小时的进度和辛苦收集的闪光宝可梦，在进入太晶团体战之后会得到一个宝可梦蛋，将无法继续参加太晶团体战，下次更新档将为这部分玩家修复这一问题，《宝可梦：朱/紫》将于4月底再次更新，让玩家可以正常捕获新宝可梦。
但并没有找到具体原因，而且如果玩家将这个蛋留在队伍中的话，有报道称，而并不会捕捉到新宝可梦波荡水和铁斑叶，《宝可梦：朱/紫》下一款升级档将于4月底发布，之前没有更新1.2.0版升级档的玩家。
宝可梦公司已经发现这一问题，官方为玩家提供了一个潜在解决方案，且在复现时遇到困难，消息称，但仍然存在不少问题，但并未明确表明是否会在4月更新档中修复这一问题。
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